Pasar al contenido principal
Escaparate Galego | Escaparate Gallego logo
  • Inicio
  • Tiendas
  • Alta de tienda
  • Servicios
  • ¿Cómo funciona?
  • Contacto
  • Iniciar sesión
Inicio

Crean unha ferramenta bioinformática para analizar as variantes xenéticas do SARS-CoV-2 e a súa distribución xeoespacial

  • user warning: Table 'web68db1.vocabulary' doesn't exist query: SELECT v.*, n.type FROM web68db1.vocabulary v LEFT JOIN vocabulary_node_types n ON v.vid = n.vid WHERE v.vid = 2 in /home/www/web64/web/modules/taxonomy/taxonomy.module on line 1056.
  • user warning: Table 'web68db1.vocabulary' doesn't exist query: SELECT v.*, n.type FROM web68db1.vocabulary v LEFT JOIN vocabulary_node_types n ON v.vid = n.vid WHERE v.vid = 3 in /home/www/web64/web/modules/taxonomy/taxonomy.module on line 1056.
  • user warning: Table 'web68db1.term_data' doesn't exist query: SELECT t.tid, t.*, parent FROM web68db1.term_data t INNER JOIN web68db1.term_hierarchy h ON t.tid = h.tid WHERE t.vid = 0 ORDER BY weight, name in /home/www/web102/web/sites/nueva.escaparategallego.com/modules/hierarchical_select/modules/hs_taxonomy.module on line 803.
  • user warning: Table 'web68db1.term_data' doesn't exist query: SELECT * FROM web68db1.term_data WHERE tid = 432 in /home/www/web64/web/modules/taxonomy/taxonomy.module on line 1091.
  • user warning: Table 'web68db1.term_data' doesn't exist query: SELECT * FROM web68db1.term_data WHERE tid = 432 in /home/www/web64/web/modules/taxonomy/taxonomy.module on line 1091.
  • user warning: Table 'web68db1.term_data' doesn't exist query: SELECT * FROM web68db1.term_data WHERE tid = 432 in /home/www/web64/web/modules/taxonomy/taxonomy.module on line 1091.
Trátase dunha ferramenta para a análise filoxeográfica da variabilidade xenética do SARS-CoV-2 que permite facer distintos tipos de análises. Os detalles desta plataforma acaban de ver a luz na revista Environmental Research.

Unha vez aliñadas, esta ferramenta bioinformática clasifica automaticamente as secuencias nas variantes do virus coñecidas, incluída a tan popular clasificación de variantes alpha, beta, gamma, ou delta. “É unha ferramenta que xorde do esforzo que dende os inicios da pandemia levamos realizando no noso grupo de investigación para contribuír a entender a variabilidade e a dinámica do virus en todo o mundo, e de maneira máis específica, a nivel estatal”, explica Antonio Salas, tamén investigador do Instituto de Investigación Sanitaria (IDIS) de Santiago de Compostela no que toma parte a USC.

CovidPhy permite tamén explorar a distribución xeoespacial de variantes do virus no mundo, así como coñecer cales son os xenomas que máis impacto tiveron nos gromos que foron xurdindo, froito de grandes eventos de supercontaxio. Salas indica que “dende moi ao principio da pandemia démonos conta de que o verdadeiro catalizador eran os eventos de supercontaxio e hoxe xa existe unha evidencia ben consolidada na literatura científica. A novidade é que CovidPhy recolle os eventos máis importantes e achega información sobre as súas características”.

Reto computacional

Un dos trazos máis interesantes de CovidPhy é a capacidade de buscar mutacións ou conxuntos de mutacións (tecnicamente chamados haplotipos) nunha gran base de datos de xenomas de máis dun millón catrocentos mil virus secuenciados. “Este foi un reto computacional importante, porque se trata de que o usuario poida facer estas procuras e obter resultados en cuestión de segundos e non minutos”, indica Salas.

Pola súa parte, Federico Martinón subliña que “CovidPhy representa unha nova cara visible dos nosos esforzos por contribuír a entender mellor esta pandemia. É unha ferramenta que axudará a moitos laboratorios e investigadores de todo o mundo para analizar os seus resultados de secuenciación do virus e interpretalos. É útil non só na investigación básica senón tamén na práctica clínica.”

CovidPhy foi deseñada para poder escalar a outras necesidades que poidan xurdir en relación cos laboratorios de análises dos hospitais; así, Salas indica que “o máis difícil xa está feito, a partir do código de programación que subxace en CovidPhy poderiamos facilmente adaptalo á contorna cambiante ao que nos ten afeitos este virus, e mesmo podería ser adaptado a outros patóxenos”.

Ademais de Salas e Martinón, os membros do grupo que formaron parte deste proxecto son Xabier Bello Paderne, programador informático; Jacobo Pardo Seco, matemático; e Alberto Gómez Carballa, biólogo e xenetista. O financiamento deste proxecto realízase a través da Axencia de coñecemento en Saúde (ACIS) e a Axencia Galega de Innovación GAIN-RESCATA da Xunta de Galicia e do programa Horizonte 2020 da Comisión Europea.
Universidade de Santiago de Compostela

Buscar tiendas

No tiene JavaScript activado. Hover for more information! Pero no se preocupe: todavía puede usar este sitio web! Usted tiene dos opciones:
  • active Javascript en su navegador y después recargue esta página, para una experiencia mejorada.
  • pulse el botón Actualizar cada vez que quiera actualizar la selección.
No tiene JavaScript activado. Hover for more information! Pero no se preocupe: todavía puede usar este sitio web! Usted tiene dos opciones:
  • active Javascript en su navegador y después recargue esta página, para una experiencia mejorada.
  • pulse el botón Actualizar cada vez que quiera actualizar la selección.

Buscar productos y servicios

No tiene JavaScript activado. Hover for more information! Pero no se preocupe: todavía puede usar este sitio web! Usted tiene dos opciones:
  • active Javascript en su navegador y después recargue esta página, para una experiencia mejorada.
  • pulse el botón Actualizar cada vez que quiera actualizar la selección.

empresasdegalicia.es

websgalicia.com

Datos de la Empresa | LOPD | Aviso Legal

Usamos cookies propias y de terceros para mostrar publicidad personalizada según su navegación.
Si continua navegando consideramos que acepta el uso de cookies. OK Más información